Im Wesentlichen besteht Shiatsu aus gezieltem Druck (Akkupressur), Dehn- und Rotationsbewegungen, Wippen bzw. Halte-Positionen wobei immer der gesamte Körper miteingebunden wird. Behandelt wird grundsätzlich auf einer Matte am Boden, um einen idealen Untergrund zu schaffen. Die Behandlung orientiert sich am Verlauf der Meridiane und wird individuell auf den Zustand des Klienten abgestimmt.
Dem Wortursprung zufolge („shi“=Finger, „atsu“=Druck) würde die Druckstimulation nur mit den Fingerspitzen erfolgen. In der Praxis jedoch werden zusätzlich die Handballen, Ellenbögen, Knie und Füße eingesetzt, um ein größeres Spektrum an Bewegung und Intensität zur Verfügung zu haben.
Ergänzt wird Shiatsu häufig durch Schröpfen, Akkupunktur oder Wärmebehandlungen. Energetische Körperübungen (bspw. Qi Gong, Do In,…) und eine Anpassung des Lebensstils spielen weiters eine unterstützende Rolle.